השימוש בחשבוניות ידניות יצר אי סדר רב בכל מה שקשור להנהלת החשבונות בעסקים השונים. פנקסי חשבוניות המס שהודפסו כללו עותק מקורי שהיה מיועד ללקוח והעתק שהיה מיועד להנהלת החשבונות.

כל עסק פועל בתחומים שונים ובהתנהלות אחרת, אך במקרים רבים לכמה עובדים היו פנקסי חשבוניות כמו לדוגמה סוכנים שמגיעים ללקוחות ומוכרים להם פריטים שונים. לא אחת העתקי החשבוניות לא הגיעו להנהלת החשבונות וכך העסק לא קיבל את התשלום עבור הפריטים שנמכרו.

החשבוניות הידניות היו בעלות ספרור בכל אחד מהפנקסים. לדוגמה פנקס אחד היה ממספר 50-1 ובפנקס הבא היו חשבוניות ממספר 100-51. מכיוון שכמה גורמים הפיקו חשבוניות ללקוחות, היה מאד קשה לעקוב אחר רצף החשבוניות.

כשהעסק אמור לדווח על הכנסותיו, בהנהלת החשבונות דואגים לדווח על כלל ההכנסות הנובעות מהפעילות העסקית, אך לא פעם מנהלי החשבונות נתקלו במצבים שחסרים להם העתקים של חשבונית זו אחרת ברצף, הם לא ידעו מי הלקוח, מה הסכום לתשלום ולכן גם לא דיווחו על החשבוניות הללו וזו עבירה. פנקסי החשבוניות גם אבדו מעת לעת וכך נוצר כאוס גדול בכל המערכת החשבונאית.

במקרים רבים שלחו את החשבוניות ללקוחות בדואר וכך היה צורך להכניס כל אחת מהן למעטפה להדביק בול ולשלוח בדואר, הדברים הללו גזלו זמן וגם עלויות של הציוד המשרדי והבולים.

הרישום הידני יצר גם פתח מסוכן לזייף מסמכים. היו מקרים שפנקסי החשבוניות נגנבו והוצאו חשבוניות פיקטיביות, או שבוצעו שינויים על גבי החשבוניות כמו הוספת ספרות או מידע.

לא כל העוסקים רשמו על גבי החשבוניות את כל פרטי הלקוח ולכן רשויות המס לא יכלו תמיד לבצע הצלבות של המידע מול העוסקים האחרים, כדי לוודא שמתבצעים דיווחי אמת. לבעל העסק היו כמה סוגים של פנקסים, חשבוניות מס, קבלות וחשבוניות מס קבלה והיה בלבול ניכר בין כל סוגי הניירת.

אם חשבונית אבדה, לא היה אפשר להפיק חשבונית מקור נוספת כיוון שפעולה חשבונאית זו הייתה יוצרת כפל הכנסה ולכן צילמו את העתק החשבונית ושמו עליה חותמת של נאמן למקור. ביטול חשבונית ידנית אפשר היה לבצע רק אם העותק המקורי היה בנמצא ואותו ביטלו על ידי רישום בולט עליו.

יש תוכנות רבות שבאמצעותן אפשר להפיק את כל התיעוד הנחוץ בכל עסק. בתחילת הדרך קובעים ספרור לכל אחת מהאופציות כדי לא ליצור בלבול ביניהן.

דוגמה לספרור:

• חשבוניות החל ב-1001 ואילך
• קבלות החל ב-8001 ואילך
• חשבוניות מס קבלה החל ב-5001 ואילך
• זיכויים החל ב-9001 ואילך

כל המסמכים יוצאים בצורה מסודרת, אין כפל במספרי החשבוניות והמסמכים האחרים. בנוסף לכך אפשר בתוכנות הללו להפיק גם חשבונות עסקה, תעודות משלוח, חשבונית ריטיינר חודשית קבועה, תעודות רכש ועוד לשימוש שוטף ולנוחות מקסימלית.

התפעול וההכנה של המסמכים הללו הוא קל מאד ובכמה לחיצות כפתור התיעוד מוכן ובאופן אוטומטי הוא מועבר למייל של העסק, או ישירות למייל של הלקוח וזאת על פי ההנחיות של מפיק התיעוד. כל החשבוניות כוללות חתימה דיגיטלית ולכן אפשר לשלוח אותן במייל ומבחינת הלקוח מדובר בחשבונית מקור שהוא יכול להציג אותה לרשויות בעת הדיווח החודשי או הדו חודשי.

המסמכים החשבונאיים השונים נראים מכובדים, הם כוללים את הלוגו של החברה ואת השפה הממותגת שלה. הימצאותם של המסמכים הללו מוסיפה רבות לתדמיתה החיובית של החברה וגם למוניטין שלה וזאת להבדיל מחברה המפיקה חשבוניות ידניות שאינן נראות במיטבן.

ברוב התוכנות הללו, אפשר לתת הוראה שחשבוניות שיוגדרו ספציפית יופקו באנגלית ולא בעברית, יופיע בהן חיוב במטבע אחר כמו יורו או דולר במקום השקל הישראלי. בדרך זו אפשר להפיק חשבוניות גם עבור גורמים מעבר לים שאיתם העסק עובד.

העוסקים מדווחים לרשויות מע"מ על המחזורים העסקיים שלהם אחת לחודש או אחת לחודשיים בהתאם לקביעה של הרשות. לקראת מועד ההגשה, אפשר להוציא בלחיצת כפתור דוח מע"מ של תשלומי המע"מ עבור ההכנסות בחודש או בחודשיים שחלפו. הדוח כולל את כל ההכנסות ואת סכום המע"מ שיש לשלם.

לאחר מכן מנהל החשבונות יקזז מסכום זה את סך המע"מ שהלקוח שילם לגורמים אחרים.

עסקים רבים מדווחים ומשלמים את המע"מ באמצעות האינטרנט או באמצעות השירות המקוון של יועצי המס ורואי החשבון שמשדרים את המידע ישירות למשרדי מע"מ. היתרון בשיטה זו הוא שבעת הדיווח מועבר לרשות זו לא רק הסכום של כל חשבונית אלא גם שמו של הלקוח ומספר העוסק מורשה שלו. אם מדובר בעוסק פטור, עוסק מורשה, שותפות רשומה, חברה בע"מ, חברה ציבורית או איחוד עוסקים. כך שאם משרדי מע"מ מעוניינים לבצע הצלבת נתונים, הקובץ הממוחשב שהם מקבלים מציף עבורם את מלוא המידע הדרוש להם.

כל עסק בוחן כמה אופציות של חברות אשר תכנתו תוכנות ייעודיות לכך ופיצ'רים מתאימים. בהתאם לאיכותו של הממשק, לשלל האפשרויות שאפשר לבצע באמצעותו, רמת האבטחה ולעלויות החודשיות והשנתיות, בוחר כל לקוח עם איזו חברה לעבוד.

בהתאם לכך הספק שולח ללקוח חשבונית בכל חודש ומדובר בהוצאה מוכרת כיוון שהתוכנה משמשת את העסק לניהול השוטף שלו.